Hélène Cixous sinh ngày 5 tháng 6 năm 1937, là con gái của bác sĩ người Pháp Georges Cixous và người vợ có gốc gác Áo-Đức của ông là Eve, tại Oran, một thành phố trong Algeria thuộc địa thuộc Pháp. Khi Hélène mới chỉ 11 tuổi, Georges đã qua đời vì bệnh lao, trớ trêu thay đó lại là chủ đề ông nghiên cứu. Để có thể chống đỡ cho gia đình, bao gồm Hélène còn nhỏ tuổi và người anh Pierre, Eve bắt đầu làm việc như một nữ hộ sinh tại Algeria. Vào năm 1955, Hélène tham gia Lycée Lakanal, một trường học tại Paris, để có thể chuẩn bị cho các bài thi đầu vào trường đại học. Năm tiếp theo, cô gái trẻ bắt đầu chuẩn bị cho agrégation, bài kiểm tra xem có đủ điều kiện không mà giáo viên đưa ra tại Pháp.